曹亦俊教授长期从事矿物资源分离过程强化理论与技术、固废资源化利用及工业废水处理等方面的研究工作。承担973计划课题、国家科技支撑计划课题、国家重点研发计划课题、国家自然科学基金委省部联合重点基金和国际（地区）合作交流项目等国家级项目10余项；同时注重理论研究与工程实践相结合，在工程转化及应用方面也取得了重要成就，成果广泛应用于铜铅锌钨钼等金属矿分选，萤石、重晶石分选及粉煤灰脱炭等。成果获国家技术发明二等奖及国家科技进步二等奖各1项、教育部科技进步一等奖1项，其他省部级及行业协会科技奖励多项。发表学术论文100余篇，其中第一或通讯作者SCI收录80余篇，授权发明专利20余项。